I Cristiani in Pakistan sono sempre più l'obiettivo di questa guerra, con la quale gli estremisti islamici vogliono colpire contemporaneamente gli USA e il mondo occidentale. C'è da ritenere che, se la violenza dovesse continuare si verifichi un esodo dei Cristiani dal Pakistan, visto l'ultimo attacco con armi pesanti da parte di estremisti islamici ad una organizzazione umanitaria cristiana a Karachi. Nello scontro sono rimasti uccisi tre Cristiani e tre Musulmani. Negli ultimi sei mesi in seguito ad attacchi terroristici in Pakistan sono morti 33 Cristiani ed un centinaio sarebbero rimasti feriti. Il 9 agosto ad Islamabad sono rimaste uccise 4 infermiere e 25 persone sono state ferite. Solo quattro giorni prima sono rimaste uccise 6 persone in un attacco ad una scuola cristiana sempre nelle vicinanze di Islamabad.
Dopo questi attacchi terroristici le autorità pakistane hanno deciso di proteggere maggiormente le istituzioni cristiane. Dopo l'arresto di estremisti islamici in possesso delle piantine di due chiese ed una scuola cristiana, la polizia si è limitata a togliere gli emblemi cristiani dagli edifici pubblici cristiani, come anche da punti di preghiera in case private. Non sarebbero ancora state tolte le croci dalle chiese. I leader della minoranza cristiana hanno criticato queste misure di protezione come una ulteriore discriminazione, oltre al fatto che con l'eliminazione dei simboli cristiani comunque non si sentono più sicuri. "Le autorità vogliono solo nascondere le nostre chiese", ha dichiarato Shehbaz Bhatti, capo dell'Alleanza delle Minoranze in Pakistan.
La discriminazione dei Cristiani in Pakistan continua. Il Presidente Musharraf aveva annunciato nell'aprile del 2000 una riforma della legge sulla blasfemia, per evitare una strumentalizzazione di comodo da parte della popolazione. I suoi piani di riforma a favore dei tre milioni di Cristiani che vivono in Pakistan sono stati però ritirati dopo poche settimane sotto la pressione degli estremisti islamici. I partiti islamici radicali avevano annunciato un ulteriore inasprimento delle leggi dopo le elezioni parlamentari del 10 ottobre. I leader cristiani, sikh e hindu avevano stretto un'alleanza elettorale per poter dare più peso alle proprie minoranze in Parlamento.