L'Associazione per i popoli minacciati (APM) ha accusato il Governo indonesiano di aver ignorato il pericolo di attacchi terroristici e di aver protetto esponenti dell'estremismo islamico. Gli estremisti islamici in Indonesia sono solo una piccola minoranza che collabora però in parte con Al Qaeda. Già da mesi erano giunti segnali sull'attività terroristica di questi gruppuscoli, ma l'Indonesia non ha fatto niente per contrastare l'estremismo islamico.
Invece di prendere serie iniziative contro questi gruppuscoli di terroristi islamici, le Forze di sicurezza collaborano con una parte degli estremisti per colpire la resistenza di singoli popoli dell'arcipelago indonesiano. In questo modo gruppi di radicali islamici vengono utilizzati per terrorizzare le popolazioni in Papua occidentale e nelle Molucche e questo con il diretto sostegno dell'esercito. In Papua occidentale le attività di questi gruppuscoli stanno portando la tensione al livello di Timor Est nell'estate del 1999, quando ci furono centinaia di vittime e migliaia di profughi.
In questo modo l'Indonesia rischia la sua rispettabilità internazionale e il suo posto nella coalizione anti terrore se non interrompe i rapporti con queste schegge del terrorismo islamico e i loro contatti nell'esercito. L'APM si appella alla comunità internazionale perché eviti che l'Indonesia violi i diritti umani sotto l'ombrello della coalizione anti terrore.